Ekspozīcija “Jelgavas novads Kurzemes un Zemgales hercogistes periodā (1561 – 1795)” sniedz ieskatu Jelgavas saimnieciskajā un kultūras dzīvē no 16. līdz 18. gadsimtam. Jelgavas pilsēta un novads 234 Kurzemes un Zemgales hercogistes pastāvēšanas gados piedzīvojis būtiskas pārmaiņas politikā, ekonomikā, materiālajā un garīgajā kultūrā.
Jelgava kopš 1567.gada ir hercoga rezidence, bet no 1616.gada oficiāla hercogistes galvaspilsēta. Interesi izraisa gan Eiropas, gan hercogistes naudas kaltuvē Jelgavā darinātās un hercogistē apgrozībā bijušās monētas – dālderi un graši. Ekspozīcijā var apskatīt Jelgavas zeltkaļu darinātos amatu kausus, unikālas grāmatas un citus vēstures periodu raksturojošus eksponātus. Muzeja viesus laipni sagaida pats hercogs Jēkabs.